Pertumbuhan tanaman hidroponik dan aquaponik tidak optimal bahkan gagal panen ?? bisa jadi karena beberapa hal di bawah ini :
Terjadi penumpukan garam sehingga menyebabkan terganggunya keseimbangan pH dan ketersediaan nutrisi bagi tanaman
Media tanam degradasi yang terlalu cepat dan pada akhirnya mengurangi efektivitasnya sebagai media tanam
Sifat menahan air terlalu tinggi sehingga menyebabkan genangan air yang berlebihan dan akibat selanjutnya akar tanaman terlalu lembab sehingga berdampak buruh terhadap akar tanaman
Akar tanaman busuk akibat kelebihan kelembaban dan drainase yang tidak efektif
Media tanam terlalu memberikan pengaruh pH larutan nutrisi dengan cepat, menyebabkan perubahan yang sulit di kendalikan.
Media tanam yang dipilih menyebabkan penyumbatan pada sistem penyaringan sehingga menyebabkan proses drainase buruk
Mudah rusaknya media tanam karena paparan suhu yang tinggi
Pencemaran media tanam yang mudah kotor, tidak bersih dan tidak steril menyebabkan kontaminasi, terutama jika media tersebut telah terpapar mikroorganisme patogen
Kualitas media yang sangat bervariasi dari satu batch ke batch lainnya, sehingga dapat mempengaruhi konsistensi dan kualitas pertumbuhan tanaman